2004-05赛季,拉丁美洲球星埃尔南多·克雷斯波转会至科巴特索。瓦伦西亚在西甲第14场比赛中以5:0击败赫罗纳,同日科巴特索获得其历史最大的胜利。
2006年夏天,新任教练埃尔南多·格雷戈里奥上任,他将球队转变为快速进攻型的球队,随着球员的流失和新入的拉斐尔·加西亚、胡安·帕斯卡尔等球员的加入,这支阵容获得了更好的成果。然而,他的任期并不长,仅在2007年夏天结束前就被解职。在他上任后瓦伦西亚最强劲的表现是在2006-07赛季,他们以第四名的成绩完成了赛季,在欧联杯中止步于对阵奥地利球会利斯特的第二轮。
然而,在格雷戈里奥下队获得了更好的成果之后,他被解职。新任教练安东尼奥·洛佩斯再次将球队转变为防守型球队,随着拉斐尔·加西亚、胡安·帕斯卡尔等球员的离队,球队的表现一如预料般恶化,在2007-08赛季中止步于第18名仅避免降级,后者也令球队在2008年夏天遭受了重大的阵容流失。安东尼奥·洛佩斯被解职,新任教练埃尔南多·巴略克上任,同年夏天球员的离去使得瓦伦西亚有5场比赛未能在全队中征召到一名正field球员。这使得队长胡安·马加德罗和后卫阿尔伯特·富恩特斯都为球队发出了告别信,而他们都以其在球队服役了12年而闻名。最终,这两位老将的离开令西甲下降到第20名,导致球队遭遇到了重大的危机,其后果是球员的离去加剧,并且球队也面临着破产的危机。