穆里尼奥与瓦伦西亚的合作始于2012-13赛季。由于前任主教练马诺洛·霍尔莫斯被解职,穆里尼奥成为新任瓦伦西亚足球俱乐部主教练。他带领球队获得了联赛第八名,这比在他离开的时期的第十强表现要好。然而,在次赛季中,他却难以取得更好的成就,瓦伦西亚连续两年都未能进入欧冠比赛阶段。在穆里尼奥于2014年11月被解职前,他还带领球队获得了联赛的第八名和杯赛小组第三名。
穆里尼奥在离开瓦伦西亚后,回到葡萄牙足球超级联赛俱乐部贝拉辛。然而,他并未待上很久,因为他很快加入了希腊足球超级联赛俱乐部尤文图斯。穆里尼奥带领球队获得了联赛第四名和杯赛小组第一名,但由于受到政府裁员政策的影响,球队最终解散了。他随后去了意大利足球甲级联赛俱乐部诺瓦查勒斯,带领球队在联赛中取得第六名。然而,由于经济原因,他被迫离开这支球队。
穆里尼奥接着加入了葡萄牙足球超级联赛俱乐部贝拉辛,在此之前,他曾短暂地在希腊足球超级联赛俱乐部尤文图斯工作过。他带领贝拉辛取得联赛第九名,但球队最终未能保级成功。穆里尼奥随后去了葡萄牙足球甲级联赛俱乐部阿库利科,带领球队在联赛中取得第三名。在此之后,他还加入了多个葡萄牙和意大利俱乐部,在这些俱乐部中,他也取得了不错的成绩。